如何使用python将“打印”输出redirect到一个文件？
我想使用python将打印redirect到.txt文件。 我有一个'for'循环，它将'打印'我的每个.bam文件的输出，而我想将所有这些输出redirect到一个文件。 所以我试图把
f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f 在我的脚本开始。 但是，我在.txt文件中什么都没有。 我的脚本是：
#!/usr/bin/python import os,sys import subprocess import glob from os import path f = open('output.txt','w') sys.stdout = f path= '/home/xug/nearline/bamfiles' bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam') for bamfile in bamfiles: filename = bamfile.split('/')[-1] print 'Filename:', filename samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile], stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1) linelist= samtoolsin.stdout.readlines() print 'Readlines finished!' ........print.... ........print....
所以有什么问题？ 除了这个sys.stdout以外的其他任何方式？
我需要我的结果如下所示：
Filename: ERR001268.bam Readlines finished! Mean: 233 SD: 10 Interval is: (213, 252)
最明显的方法是打印到一个文件对象：
with open('out.txt', 'w') as f: print >> f, 'Filename:', filename # Python 2.x print('Filename:', filename, file=f) # Python 3.x
但是，redirect标准输出也适用于我。 对于像这样的一次性脚本来说可能是好的：
import sys orig_stdout = sys.stdout f = open('out.txt', 'w') sys.stdout = f for i in range(2): print 'i = ', i sys.stdout = orig_stdout f.close()
什么是脚本中的第一个文件名？ 我没有看到它初始化。
我的第一个猜测是glob找不到任何bamfiles，因此for循环不运行。 检查文件夹是否存在，并在脚本中打印出bamfiles。
另外，使用os.path.join和os.path.basename来处理path和文件名。
您可以使用>>操作符redirect打印。
f = open(filename,'w') print >>f, 'whatever'
在大多数情况下，你最好是正常写文件。
f.write('whatever')
或者，如果你有几个项目，你想写与之间的空格，如print ：
f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))
Python 2或Python 3 API参考：
print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)file参数必须是带有
write(string)方法的对象; 如果它不存在或None，将使用sys.stdout。 由于打印的参数被转换为文本string，print()不能用于二进制模式文件对象。 对于这些，请改用file.write(...)。
由于文件对象通常包含write()方法，所以您只需将文件对象传递给它的参数。
写/覆盖到文件
with open('file.txt', 'w') as f: print('hello world', file=f)
写/附加到文件
with open('file.txt', 'a') as f: print('hello world', file=f)
这完美地工作：
import sys sys.stdout=open("test.txt","w") print ("hello") sys.stdout.close()
现在hello将被写入test.txt文件。 确保closuresstdout close ，没有它的内容不会保存在文件中
最简单的解决scheme不是通过python; 它通过壳。 从你的文件的第一行（ #!/usr/bin/python ）我猜你正在UNIX系统上。 只要像平时一样使用print语句，并且不要在脚本中打开文件。 当你去运行文件，而不是
./script.py
运行该文件，使用
./script.py > <filename>
在那里你用你想要输出的文件的名字replace<filename> 。 >标记告诉（大部分）shell将stdout设置为由以下标记描述的文件。
这里需要提到的一个重要的事情就是需要将“script.py”设置为可执行文件来运行./script.py 。
所以在运行./script.py之前，执行这个命令
chmod a+x script.py （使脚本对所有用户可执行）
你可能不喜欢这个答案，但我认为这是正确的。 不要改变你的标准输出目的地，除非它是绝对必要的（也许你正在使用只输出到标准输出的库???显然不是这里的情况）。
我认为作为一个好习惯，你应该提前准备好你的数据作为一个string，然后打开你的文件，一次写完所有的东西。 这是因为input/输出操作是打开文件句柄的时间越长，这个文件就越可能发生错误（文件locking错误，I / O错误等）。 只要在一个操作中做到这一点，就不会出现什么时候可能出错的问题。
这是一个例子：
out_lines = [] for bamfile in bamfiles: filename = bamfile.split('/')[-1] out_lines.append('Filename: %s' % filename) samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile], stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1) linelist= samtoolsin.stdout.readlines() print 'Readlines finished!' out_lines.extend(linelist) out_lines.append('\n')
然后，当你完成了每个列表项目一行的“数据行”的收集工作时，你可以join一些'\n'字符来使整个事情成为可能。 甚至可能将你的输出语句包含在block中，以提高安全性（即使出现错误，也会自动closures输出句柄）：
out_string = '\n'.join(out_lines) out_filename = 'myfile.txt' with open(out_filename, 'w') as outf: outf.write(out_string) print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"
但是，如果你有很多数据要写，你可以一次写一个。 我不认为这是与您的应用程序相关，但这是另一种方法：
out_filename = 'myfile.txt' outf = open(out_filename, 'w') for bamfile in bamfiles: filename = bamfile.split('/')[-1] outf.write('Filename: %s' % filename) samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile], stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1) mydata = samtoolsin.stdout.read() outf.write(mydata) outf.close()
更改sys.stdout的值确实会更改要打印的所有调用的目标。 如果您使用其他方式更改打印目标，则会得到相同的结果。
你的bug在别的地方：
- 它可能在您为您的问题删除的代码（文件名来自打开电话的地方？）
- 也可能是因为不等待数据刷新：如果在terminal上打印，每隔一行新数据就会刷新一次，但是如果打印到一个文件，只有当标准输出缓冲区已满时才会刷新数据（4096字节在大多数系统上）。
有些东西可以扩展循环的打印function
x = 0 while x <=5: x = x + 1 with open('outputEis.txt', 'a') as f: print(x, file=f) f.close()
