在升级到OSX Yosemite后，RStudio / R中的rJava加载错误

我最近从OSX Mountain Lion升级到优胜美地，从3.1.3升级到3.2。 升级完成后立即打开R或RStudio，弹出消息说我需要安装Java 6.另外，加载rJava或任何依赖rJava的软件包（例如xlsx ）会导致RStudio崩溃（R当我尝试通过直接打开R.app时也崩溃了）。

在堆栈溢出和其他地方（更多细节见下文）发现一些修复后，我在加载rJava或任何依赖rJava包不再导致R崩溃，但导致以下错误的一点： 

 library(rJava) Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found Error: package or namespace load failed for 'rJava'

但是，如果我从命令行调用R，然后加载rJava或任何依赖rJava包，它似乎工作（或至少我没有得到任何错误信息）。

我已经尝试了一些不同的尝试修复，其中一些修复了几次，并且不能完全记得我按照什么顺序做了什么（没有意识到这将是一个恶作剧，并没有真正跟踪） ，但这是它的要点：

  • 将以下内容添加到我的.bash_profile （根据此SO回答 ）：

    export JAVA_HOME =“/ usr / libexec / java_home -v 1.8”
    导出LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server

  • 从命令行重新配置java，如下所示：

    sudo R CMD javareconf -n

  • 选中options("java.home")并发现这被设置为NULL 。 我试着把它设置为以下（根据这个问题 ）：

    选项（ “java.home”= “/库/的Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk /内容/首页/ JRE”）

  • 安装了最新的Java开发工具包，并从源代码重新安装rJava （不记得我在哪里找到一个）。

在尝试所有这些的时候，我可以在不加载R的情况下加载rJava ，但却得到了上面的错误消息。 另外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但是会弹出一个“RStudio意外退出”消息，表示程序在尝试关闭时崩溃。

我终于决定安装Java for OS X 2014-001 （Java 6），因为我似乎没有多少选择。 现在，当我打开R或RStudio时，“此软件需要Java 6”弹出消息不再出现。 但是，我仍然得到了.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'错误消息。

在回顾一些我已经看过的帖子的时候，我注意到了另外一个我以前错过的回答 ，它推荐使用下面的命令行代码打开RStudio，它给了RStudio java的正确路径：

LD_LIBRARY_PATH = $（/ usr / libexec / java_home）/ jre / lib / server：open -a RStudio

这打开了一个RStudio窗口，我也能够加载rJava和依赖它的包而不会出现错误。

最后，我尝试从命令行运行R（以前我没有做过）。 事实证明，在命令行上，加载rJava或任何依赖rJava包工作，并不会产生任何错误。

所以，现在我可以让rJava工作，如果我从RStudio的Java路径（如上所述）的代码从命令行打开RStudio。 但是，我想找到一种方法来解决潜在的问题，无论它是什么，以便RStudio可以用通常的Mac方式打开，而不需要命令行kludge。 我还担心，安装旧版本的Java可能会导致问题的发生。

有没有人有任何关于如何诊断和解决这个问题的想法？

我遇到了同样的问题，并经历了和你一样的步骤。 允许通过Finder / Spotlight启动RStudio的最后一步是将libjvm.dylib链接到/ usr / local / lib： 

 sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f标志被添加来强制覆盖现有的文件/链接

在OSX El Capitan 10.11上，用户没有写入/ usr / lib的权限。 所以相反，使用下面的命令： 

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

你可以像加载libjvm.dylib一样运行 

 dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib') library(rJava)

以下命令的作品： 

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

之后，在RStudio中，通过加载“xlsx”包加载rJava。 

 library("xlsx")

PS＃1环境：Mac OS X El Capitan 10.11.3 +，RStudio 0.99.491 +和R 3.2.3+。 （我现在已经在macOS Sierra（10.12）和R.3.3.1上测试过了。）

PS＃2我发现openxlsx更快，不依赖于Java的工作，所以我现在正在使用该软件包。 希望能帮助别人。

这就是我配置它在运行Mac OS X El Capitan（10.11.6）的两台Mac上正常工作的方式：

  1. 通过在终端窗口中发出以下命令来卸载“rJava”： 

     Rscript -e 'remove.packages("rJava")' sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

  2. 从Oracle下载并安装Java软件： https ： //www.java.com/en/download/mac_download.jsp

  3. 使用您最喜爱的编辑器/Users/<userid>/.bashrc添加到/Users/<userid>/.bashrc ： 

     # Set JAVA_HOME so rJava package can find it export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

  4. 关闭并重新启动任何终端，R和RStudio窗口（以获取对.bashrc的更改）。

  5. 在终端窗口中运行以下命令： 

     sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

  6. 在终端窗口中运行以下命令： 

     sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

您应该能够使用CRAN rJava，而不需要重新编译rJava，或者通过将共享库链接到R框架库目录来执行任何其他步骤。 

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

这里在MAC上为我工作的是：

  1. 在你的~/.profile或~/.bashrc加入这一行： %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

    1.1 % source .profile （或% source .bashrc ）

  2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
  3. remove.packages(rJava)
  4. remove.packages(Rweka)
  5. 从终端输入这个命令： %sudo R CMD javareconf
  6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
  7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
  8. 加载你的library("rJava", "RWeka")

祝你好运。

也许另一个不接触你的文件系统的简单答案：

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

（用您的JDK路径替换jdk1.8.0_131.jdk 。）

在这里，您可以下载El Capitan的传统Java版本6： https : //support.apple.com/kb/DL1572? viewlocale =zh_CN& locale =zh_CN这样做之后，rJava软件包就可以为我工作。

这是简单的步骤：

  1. 删除rJava包：remove.packages（rJava）
  2. 关闭R
  3. 在你的mac上安装最新的Java
  4. 打开终端并键入以下命令：sudo R CMD javareconf

  5. 打开R并使用以下命令安装rJava：

    install.packages（“rJava”，dependencies = TRUE，type =“source”）

下面的这一行已经解决了我在rJava软件包中遇到的同样的问题。 我敢肯定，这个问题有不止一个解决方案，我真诚地感谢他们所做的贡献，因为有时候像下面这样的一行会节省很多时间去做垃圾！ 

 sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
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